Bohater gry Final Ninja uważa się za ostatniego ninja w swoim rodzaju. Wrogiemu klanowi udało się wymordować wszystkich bliskich bohatera, on jednak nie zamierza się poddać. Nawet jeśli będzie musiał umrzeć, zamierza zabrać ze sobą wszystkich swoich wrogów. W międzyczasie musisz odnaleźć legowisko wrogów i w tym celu będziesz musiał pokonać wiele przeszkód. Poruszaj się za pomocą strzałek, a klikając myszką wyrzucaj shurikeny. Jeśli przytrzymasz klawisz podczas rzucania, możesz chwycić się i wciągnąć na wyższe platformy, na które nie możesz wskoczyć w Final Ninja.