Na każdym poziomie pojawi się przed tobą kilku bohaterów o zupełnie różnych poziomach. Mogą to być całkiem zwyczajni chłopcy lub dziewczęta, superbohaterowie i tak dalej. Na początku Persona Runner zobaczysz uczestnika, z którego musisz stworzyć to, co pokazano ci przed biegiem. Bohater musi zebrać coś, co zwiększy czerwony lub niebieski kolor na skali. Najpierw decydujesz, który kolor ma dominować i zbierasz tylko to, co sprawia, że rośnie. Jeśli jego poziom na mecie będzie większy niż połowa skali nad głową bohatera, ukończysz poziom. A skromny biegacz zamieni się w genialnego bohatera w Persona Runner.
