Kolorowe biegacze, którym pomożesz w grze Pixel Run, składają się z małych okrągłych pikseli. Są delikatne i mogą pęknąć nawet przy najmniejszym zderzeniu z przeszkodą. Mając to na uwadze, należy chronić swojego małego mężczyznę, aby sprawnie manewrował i omijał wszelkie przeszkody. Jeśli nie jest to możliwe, wybierz mniejszą przeszkodę, aby bohater stracił minimum ciała. Jednocześnie nie przegap kulek, które uzupełnią utracone piksele. Nawet jeśli bohater dotrze do mety na jednej nodze lub bez głowy, poziom zostanie zaliczony. Przegrasz, jeśli mały człowiek prawie zniknie, w Pixel Run nie powinno to być dozwolone.