Ninja pojawili się w średniowiecznej Japonii i służyli jako szpiedzy, zwiadowcy i sabotażyści zwiadowczy. Nosili ciemne ubrania, zakrywali twarze i operowali głównie nocą, poruszając się cicho i wykonując przydzielone im zadania. Wszyscy ninja opanowali sztukę ninjutsu. Zasadniczo ninja to rodzaj wojownika używanego w operacjach specjalnych, takich jak japońskie siły specjalne. Bohaterowi gry Ninja Speed Runner również powierzono tajną misję, więc porusza się szybko. W jego stronę lecą shurikeny, przed którymi musi wykonać unik, a Ty mu w tym pomożesz, zmuszając bohatera do skoku lub schowania się w grze Ninja Speed Runner.
