Życie w Królestwie Grzybów zostaje ponownie zakłócone przez porwanie księżniczki Peach. Bowser nie może się uspokoić i nie przychodzi mu do głowy nic nowego poza porwaniem księżniczki. Mario w Super Mario Flash wyruszy w podróż, aby uratować dziewczynę, nie jest to dla niego pierwszy raz, a Ty masz powód, aby ponownie stać się uczestnikiem zabawnej przygody. Prowadź Mario po platformach, skacząc na złych grzybach i żółwiach. Znajdź wielkiego magicznego muchomora, który zamieni hydraulika w Super Mario. Dodatkowo na platformach można znaleźć magiczny kwiat, który również wzmocni bohatera i doda mu sił w Super Mario Flash.
