W starożytnej Japonii istniał porządek militarny, który specjalizował się w szpiegostwie i zabójstwach różnych ludzi. Nazywano ich ninja. Wiele wojen Zakonu było w tajnej służbie cesarza Japonii. Dziś w grze Flight Of The Ninja, pomożemy jednemu z nich w wykonaniu tajnej misji. Twój bohater musi wejść do strzeżonego zamku, który stoi na górze. Aby to zrobić, będzie musiał wspiąć się na czyste ściany wypełnione pułapkami. Twój bohater używający specjalnych haków zręcznie wspina się po ścianie. Jak tylko dotrze do pułapki, kliknięcie na ekranie spowoduje, że skacze i skacze na inną ścianę.
