Według rodzaju działalności członkowie mistycznej agencji dochodzeniowej, w której Scooby-Doo nie jest ostatni, znajdują się w różnych miejscach. Najczęściej są niebezpieczne, a nawet ryzykują życiem. W grze Scooby-Doo! Za burtą będziesz towarzyszył bohaterom na statku pirackim. Sami piraci są konfliktami, a potem właśnie wdali się w spór i na statku zaczęły się zamieszanie. Zespół został podzielony na dwie części, które znajdują się na przeciwległych końcach pokładu. Strzelają z broni, rzucają szablami i innymi niebezpiecznymi przedmiotami. W takiej sytuacji musisz pomóc Scooby'emu przejść przez pokład.