Naruto od dawna nie jest niespokojnym nastolatkiem, który nie zna swoich umiejętności, ale nadal trudno nazwać go mądrym doświadczeniem ninja. Niemniej jednak ma zespół i są gotowi walczyć z siłami ciemności o prawo do zostania wielkim przywódcą shinobi. Na etapie gry Ninja Runner Runato możesz pomóc bohaterowi pokonać kolejnych wrogów, których przepływ nie wysycha. Liczba przeciwników jest duża, a bohater nastawiony na szybkość. Pędzi szybko, a ty reagujesz na przeszkody, zarówno ożywione, jak i nieożywione.
