Nie bez powodu nasz ninja wyczerpał się przez wiele lat treningiem w wysokogórskim klasztorze. Dzięki nim stał się najlepszy w swoim biznesie, super szybki i super zwinny. A teraz losy świata, w którym chce żyć, zależą od jego umiejętności i zdolności. Istnieje zagrożenie wybuchem w elektrowni atomowej. Znajduje się z dala od zaludnionych obszarów, ale jeśli nastąpi eksplozja, będzie miała taką moc, że nikomu się to nie wyda. A z rodzinnej wioski bohatera nie pozostała nawet garść popiołów. Musisz dotrzeć na stację w ciągu kilku minut i wyłączyć reaktor. Nadal można to zrobić, ale oprócz ninja nikt nie ma takiej prędkości. Ale będzie musiał biec, omijając wiele przeszkód i tutaj nie możesz się obejść bez pomocy mu w ukończeniu poziomów, zanim skończy się czas w grze Nuclear Ninja.