Między dwoma zakonami ninja wybuchła wojna. Ty w grze Ninja Versus Ninja weźmiesz udział w tej konfrontacji. Na początku gry będziesz musiał wybrać swoją postać. Pod nim otrzymasz broń i amunicję. Następnie twój bohater będzie w określonym obszarze. Twój przeciwnik będzie na przeciwległym końcu lokacji. Na sygnał będziesz musiał ruszyć w jego kierunku. Gdy tylko się zbliżysz, rozpocznie się pojedynek. Możesz uderzać mieczem lub rzucać bronią. Twoim zadaniem jest jak najszybsze zabicie wroga i zdobycie za to punktów. Zaatakuje również ciebie. Będziesz musiał unikać jego ciosów lub blokować je mieczem.