Młody chłopak Kioto dołączył do tajnego zakonu wojowników ninja. Został wysłany w góry do specjalnej świątyni, gdzie znajduje się Akademia, gdzie trenuje się wszystkie początkowe wojny. Dziś nasz bohater ma sesję treningową i pomożesz mu poprowadzić go w grze Ninja Academy. Na ekranie przed sobą zobaczysz swoją postać, która stoi na dziedzińcu świątyni. Pod nim zostanie umieszczony specjalny panel z klawiszami sterującymi. Z jej pomocą pokierujesz poczynaniami swojego bohatera. Przed nim będą pojawiać się przedmioty z różnych stron. Prowadząc bohatera, będziesz musiał zadawać mu celne ciosy za pomocą dłoni lub stóp. Każde twoje celne trafienie przyniesie ci określoną liczbę punktów. Po wyćwiczeniu ciosów przejdziesz do wypracowania różnych technik.