Bitwy sezonowe rozpoczynają się w Naruto Free Fight: Sezon 2. Wejście do bitwy: Naruto Uzumaki, Sasuke Uchiha i Kakashi. Wybierz bohatera, któremu pomożesz pokonać rywali, a zostaniesz przeniesiony do miejsca, w którym bezpośrednio rozpocznie się bitwa. Kilku wrogów naraz zaatakuje twoją postać. Będą pojawiać się pojedynczo, a potem w grupach. Za pomocą klawiszy ZX musisz zmusić wojownika do odpierania ataków, a lepiej atakować siebie i iść do przodu, zbierając bonusy i przechodząc poziomy. Uderzaj przeciwników precyzyjnymi ciosami i kopniakami. Używaj swoich specjalnych zdolności tylko w skrajnych przypadkach, gdy w Naruto Free Fight: Sezon 2 będzie zbyt wielu wrogów.