Do tej pory Mario miał do czynienia tylko ze złymi grzybami, ślimakami i innymi sługami swojego odwiecznego wroga Bowsera. Ale to tylko kwiaty w porównaniu z tym, co go czeka w Super Mario Commander. Podstępny atak z kosmosu został niespodziewanie dokonany na World of Mario. Straszliwe i okrutne stworzenia, uzbrojone po zęby, siały spustoszenie w niegdyś spokojnym królestwie. Mario będzie musiał wziąć poważną broń i wcielić się w rolę super bohatera. Aby mu się udało, pomóż hydraulikowi opanować nową rolę dla siebie. Konieczne jest oczyszczenie platform z kosmicznych piratów i sprowadzenie świata z powrotem na ziemię w Super Mario Commander.