Ninja po raz kolejny postanowił uruchomić Ninja Samurai Runner, aby pozostać w formie, o ile nie będzie konfliktów i nie ma nigdzie pokazania swoich umiejętności w sztukach walki. Ale jego bieg będzie nie tylko treningiem, będzie jeździł w różne miejsca. Gdzie mogę znaleźć złoto trofeum: monety, pierścionki, rzadkie żółte kryształy. Tam, gdzie jest coś wartościowego, musi być jakiś haczyk i to prawda. Bohater będzie musiał uważać, bo przy złocie mogą znajdować się ładunki wybuchowe. Podczas skakania po platformach oblicz zasięg, aby nie aktywować bomby w Ninja Samurai Runner.