Pewnego ranka Mario obudził się z faktu, że coś nie pozwalało mu leżeć na plecach. Znalazł trochę narośli, był raczej przestraszony i natychmiast opamiętał się ze strachu i pobiegł do lustra, aby spojrzeć. Co się za nim pojawiło. Widząc małe skrzydła, bohater był zaskoczony, a nawet początkowo zdenerwowany w Flappy Mario. Ale potem, po namyśle, zdecydował, że umiejętność latania da mu wiele korzyści. Nie musi już dbać o transport, może pokonywać drogę w powietrzu znacznie szybciej niż na motocyklu czy samochodzie. Pozostaje tylko nauczyć się latać, a pomożesz mu w tym, wchodząc do gry Flappy Mario.