Facet z supermocami Spider-Mana poszedł służyć w zagranicznym wywiadzie i został agentem specjalnym jak James Bond. Ale nie potrzebuje broni; radzi sobie ze swoimi wrogami. Co uwalnia pajęczynę z łuku i oplata nią wroga, całkowicie go unieruchamiając. W Mutant Assassin 3D pomożesz bohaterowi ukończyć misje, eliminując niechcianych agentów wroga. Mechanizm zniszczenia jest prosty: celujesz zielonym kółkiem w kolejnego czerwonego złoczyńcę i uwalniasz sieć. Owija się wokół ciała i wróg zostaje pokonany. W ten sam sposób musisz zbierać stosy pieniędzy, należy je zebrać, aby ukończyć poziom w Mutant Assassin 3D.