Mafia w Japonii nazywa się Yakuza i jest bardzo poważną organizacją przestępczą, która działa poza prawem i według własnych zasad. Jeśli czegoś potrzebuje, bierze to bez względu na życie i potrzeby tych, którzy staną jej na drodze. Samurai vs Yakuza przedstawia samuraja, który chce ocalić swoją wioskę. Bandyci polubili ją ze względu na starożytną świątynię, która znajduje się na jej terytorium. W świątyni tej znajduje się kilka cennych figurek, które chciał posiadać szef Yakuzy. Nasz bohater stanął na drodze całej armii mafii i przy Twojej pomocy odeprze atak ubranych na czarno rabusiów w grze Samurai vs Yakuza.