Bohater gry Counter-Strike: Reboot z Twoją pomocą weźmie udział w dwunastu misjach. Ponieważ treść jest ściśle tajna, cele zostaną ujawnione po ukończeniu poprzedniej misji. Pierwsza nazywa się Alpha i Twoim zadaniem jest odeprzeć atak terrorystów chcących przejąć Twoją bazę. W innych misjach będziesz musiał wykonywać inne zadania, takie jak: uwalnianie zakładników, niszczenie baz terrorystów, usuwanie min i tak dalej. Wszystkie misje są ograniczone w czasie, musisz szybko i skutecznie rozwiązywać problemy w Counter-Strike: Reboot.
