Twój bohater w Ninja Assassin jest mordercą Ninja i wykonuje swoją pracę z twoją pomocą. Składa się z zniszczenia tych, którzy obecnie stali się jego wrogami. W rzeczywistości zadaniem jest czyszczenie magazynów. Oczekuje się, że na nich okradzi duży atak. Strażnicy spacerują po pokojach z pudełkami, oświetlając się latarami. Jeśli ninja jest w strefie oświetlonej przez latarnię, strażnik go zobaczy i zaatakuje. Powinieneś zostać wybrany z ciemnej strony i natychmiast atakować. Cały proces milczy, aby inni strażnicy nie byli ostrożni wobec zabójcy Ninja.
