Niedźwiedź Banjo wraz z siostrą żyje w głębi lasu. Pewnego dnia nasza postać obudziła się i odkryła, że jego młodsza siostra zaginęła. Teraz w grze Banjo-Kazooie, pomożemy mu ją znaleźć. Aby uzyskać pomoc, nasza postać zwróciła się do magicznego ptaka Kazue. Po magicznym rytuale złapała szlak i poleciała wzdłuż niego. Teraz biegniesz, bo bohater będzie musiał biegać za nią, nie pozostając w tyle. Uważaj na sposób, w jaki będziesz mieć pułapki i będziesz jeździć bohaterem będzie musiał zmusić ich do przeskoczenia nad nimi. Czasami możesz spotkać różne agresywne potwory i będziesz musiał je zniszczyć.
