Migracja ptaków to coroczna migracja ptaków do cieplejszych regionów. Gdy nadchodzi jesień, wiele gatunków ptaków udaje się na południe, aby przetrwać mroźną zimę. Kaczki są jedną z nich, a w grze pomożesz jednej kaczce pokonać trudny lot. Ale najpierw musisz wybrać postać spośród bohaterów przedstawionych w grze: Pam, Mac, Wujek Dan, Gwen i Dax. Każdy z nich będzie posłuszny twojej kontroli. Fabuła Migration Flappy Duck polega na tym, że Twój ptak został w tyle za stadem. Kiedy wszyscy jej krewni odlecieli, jej skrzydło zostało uszkodzone, ale teraz się zagoiło i można spróbować dogonić stado i polecieć razem. Ale najpierw będziesz musiał pokonać wiele przeszkód i energicznie machać skrzydłami bez przerwy w Migration Flappy Duck.
